内蒙古工业大学研究生教育始于1984年，1986年获得硕士学位授予权，2003年获得博士学位授予权，是全国学位与研究生教育学会理事单位。

现设有材料科学与工程博士后流动站1个，材料科学与工程、化学工程与技术、力学等博士学位授权一级学科3个，无一级学科授权博士学位二级学科1个，硕士学位授权一级学科19个，无一级学科授权的硕士学位二级学科9个，具有工程硕士（14个授权领域）、工商管理硕士、工程管理硕士、翻译硕士、社会工作硕士等5个专业学位授权类别。目前在校博士研究生近200人，硕士研究生和留学生4500余人。

研究生院与研究生工作部合署办公，是我校研究生教育教学管理工作的职能部门与协调机构，同时也是学校学科建设的管理和服务机构。目前研究生院（工作部）设置5个科室，分别负责研究生招生、培养、学位、学科建设与质量管理以及思政教育与日常管理等方面工作。